Teprve reformace přinesla zvrat v pohledu na římské papežství. Jednotu bratrskou založenou v roce 1457 můžeme považovat za první církev řádně ustavenou a nezávislou na Římu. Jeden z jejích učitelů – Lukáš Pražský - sám považuje oddělení od církve římské za důsledek prohlédnutí díla lstivého Antikrista. Nebezpečí vidí v tom, že „…. řeči Boží, jak vyměří doktoři někteří i proti Písmu svatému, věřiti každému velí, hrozí i nutí a kdož nechce, hned klatbu vzbudí.“

Důraz na oddělení od papežství pečetí světová reformace na čele s Lutherem, Zwinglim, Kalvínem, Bucerem a dalšími. V roce 1537 shromáždění teologové reformace vytýkají: „Římský biskup si namýšlí, že má být božským právem vyvýšen nade všechny ostatní biskupy a pastýře. Nadto ještě dodává, že prý je božsky oprávněným držitelem obojího meče, tedy, že je zplnomocněn ustanovovat i sesazovat krále. A za třetí praví, že věřit těmto výrokům je nezbytné pro spasení. Z takových důvodů se římský biskup nazývá Kristovým náměstkem na zemi. Ony tři body vnímáme jako klamné, bohaprázdné a prohlašujeme, že jsou tyranské a pro církev nebezpečné.“

Křesťan dnešní doby si může myslet, že podobná tvrzení již definitivně odvál čas a že žijeme v době otevřených ekumenických vztahů, kdy jako křesťané můžeme ve službě Pánu Bohu ve vzájemné úctě spolupracovat a také se jeden od druhého učit. O to víc v letošním horkém létě rozžhavil vztah k římskému papežství poměrně krátký dokument, který 10.7.2007 zveřejnila vatikánská kongregace pro nauku víry. V dokumentu se píše, že Kristus ustanovil jedinou Církev, která „subsistuje (uskutečňuje se) v katolické církvi a je řízena Petrovým nástupcem a biskupy ve společenství s ním.“ Tento konkrétní historický útvar je tedy Benediktem XVI. a jeho kongregací pokládán za onu Církev (s velkým C), kterou vyznáváme v Krédu jako církev svatou, katolickou (obecnou) a apoštolskou.

Je třeba povědět, že něco se od doby papeže Bonifáce VIII. přece jen změnilo. Křesťanům z jiných církví není již upíráno spasení a dokonce na základě konstituce II. vatikánského koncilu jim je přiznáno, že v nich působí Kristova církev. Dokument z letošního léta ale výslovně opakuje, že církví nemohou být nazvána společenství vzešlá z reformace (církve luterské, reformované, anglikánské, letniční aj.), protože nemají apoštolskou posloupnost ve svátosti svěcení a tím také postrádají celistvost eucharistie - sv. večeře Páně.

Každý, kdo má přátele v katolické církvi, může dosvědčit, že při společných chvílích u Božího slova a v modlitbách, často žádné rozdíly nevnímá a prožívá jednotu společenství církve. Pro vyrovnanost je třeba povědět, že naši reformační otcové měli naopak potíže s uznáním římského katolictví za církev. Mnozí považovali katolickou církev za sektu, která deformovala pojetí církve a opředla křesťanskou věrouku pavučinou nesmyslných obřadů a článků víry, které nemají žádný základ v Božím slově (např. opakování golgotské oběti na oltáři a přepodstatnění chleba a vína v materiálně přítomné Kristovo tělo, neposkvrněné početí, bezhříšnost a nanebevzetí Panny Marie, sedm svátostí, víru v očistec, modlitby za zemřelé, modlitby ke svatým, uctívání ostatků apod.).

V ekumenickém hnutí se po letech plodné spolupráce někdy zdá, že nejzávažnější problémy jsou již věcí minulosti. Smíme prožívat jednotu ve víře, ve křtu, v Duchu svatém, ve službě….  A najednou přijde středověká sprcha v prohlášení, že protestantské denominace nejsou Kristovou církví. Co k tomu dodat? Kde je církev?

V Božím slově se pro církev užívá slovo ekklésia. Je to slovo, které původně označuje svolání občanů k veřejnému shromáždění obce. Církev je v Novém zákoně společenství těch, kteří byli zavoláni Kristem a povoláni na cestu následování a do Božího království. Pán Ježíš, když hovoří o církvi u Cesareje Filipovy, tak zakládá církev na skále. Tou skalou ale není Petr, ale Kristus. Pokud Petr a ostatní učedníci stojí na vyznání Krista jako Božího Syna, potom jsou pevní jako skála. Na vyznání Krista je možné budovat církev.

Reformátoři shodně činí rovnítko mezi svatou církev obecnou a počtem Bohem vyvolených. Kalvín dodává, že církev je jen jedna a patří k ní živí i mrtví, ze všech zemí a národů. Toto církevní společenství je obecné – univerzální, protože všichni věřící jsou v Kristu sjednoceni a spojeni, jsou závislí na jedné hlavě a tvoří tělo.

Jednota je v Ježíši Kristu a nemůže být garantována žádným jeho zástupcem na zemi. Obecná církev je pro všechny vyvolené a její apoštolskost je dána věrností učení a praxi Ježíšových apoštolů. Církev je tam, kde se zvěstuje Boží slovo a řádně se vysluhují Kristovy svátosti.

Z pohledu Božího slova je církev tam, kde je „jeden Pán, jedna víra, jeden křest a jeden Bůh a Otec všech, který je nade všemi, skrze všechny působí a je ve všech“ (Ef 4,4-5). Které společenství je církví katolickou (všeobecnou) a apoštolskou a které ne, to v posledu nebude rozhodovat žádná římská kongregace, ale sám Pán. Tak závažné věci Pán Bůh nesvěřuje lidem, ale ponechává si je ve své pravomoci. Proviňuje se ale každý, kdo zpochybňuje církevní identitu jiných církevních útvarů, které vyznávají trojiční víru a přijímají Boží slovo jako pravidlo víry a života. V církevních dějinách se ukazuje, že zpochybňování sounáležitosti s jinými křesťany, sbory a denominacemi bývá často sektářským znakem.

Z pohledu reformace je církev pouze jedna a patří do ní všichni, kteří žijí pod jedním Pánem, pod týmiž zákony a mají podíl na Božích dobrodiních. O nich platí, že jsou jednou svatou, katolickou a apoštolskou církví. Podle apoštola židé ani pohané nejsou cizinci a přistěhovalci, ale všichni mají právo Božího lidu a patří k Boží rodině (Ef 2,19). Jsou tedy plně církví Kristovou.