Jona ben Amitaj byl synem vdovy, která pomohla proroku Elijahovi. Když Jona zemřel, Elijahu ho vzkřísil. Jona obdržel své proroctví během radostného svátku Sukkot. Stalo se tak při příležitosti slavnosti simchas beis hashoevah. Jona se nakonec dožil vysokého věku 120 let. Podle Midraše byl král Ninive tak přístupný B-žímu slovu, protože jako egyptský farao měl kdysi co do činění s Mošem. Poučil se z posledního setkání a tentokráte vykonal co mu bylo řečeno (tešuvu). 

Proroctví může započít jen v Erec Jisrael (Zohar Yona 1:85a, Kuzari 2:14, Ibn Ezra Yoel 3:1).  Jakmile prorok obdržel proroctví v Erec Jisrael, mohl ho pak obdržet i v jiných zemích za předpokladu, že to bylo zcela nezbytné v zájmu lidu Jisraele (Kuzari, Zohar ibid). K výchozímu proroctví může dojít pouze v Erec  Jisrael. Jona si zpočátku neuvědomil, že proroctví by ho mohlo zavést i do chutz la’aretz (do ciziny). Proto Jona uprchl z Erec Jisrael, neuvědomujíc si, že schopnost mít proroctví ho bude následovat i mimo Erec Jisrael.

Podle Zoharu je příběh Jony také alegorií o vztahu duše k smyslovému světu. Proto o Jom Kippur čteme o cestě duše a důležitosti pokání. Lid Jisraele je přirovnáván k holubici (Tehilim 68:14) a stejně jako holubice není zachráněna jinak než skrze svá křídla, tak ani Jisrael není zachráněn jinak než skrze přikázání, která naplňuje.

Jona je symbolem lidské duše. Mezi námořníky je odedávna nazýván "synem pravdy". Nešama (duše) je jiskrou Božství (Hašem), odvozenou ze zdroje veškeré pravdy. Hašem vyslal nešamu (Jonu) z Gar Eden do smyslového světa (Ninive) a umístil ji do lidského těla. B-h posílá nešamu do světa smyslů zvaného Ninive. V tomto světě má nešama příležitost opět se povznést a přiblížit se k B-hu a naplnit tak účel svého stvoření. Její odpovědnost je nejen k sobě samé, ale také k ostatním lidem. Tímto způsobem může každý dosáhnout úplného štěstí (nebeské blaženosti).

Avšak nešama opovrhla svým posláním a utekla do Taršíše - země bohatství a radovánek. Započala svou cestu v Jafě, kde nalezla loď, na které se přeplavila. Loď představuje lidské tělo. Duše zaplatila nesmírnou duchovní cenu, aby se mohla nalodit na loď do Taršíše a tam se oddávat světským radovánkám. Tento svět je přirovnáván k moři, zatímco příští svět k zemi. Nešama se musí přeplavit přes moře, aby vystoupila na suchou pevninu příštího světa. Ale může být také odkloněna k zemi, která nemá žádné spojení s příštím světem. Jona (duše) si zvolil plavbu k právě takové zemi a nešama svým pádem přivodí B-ží hněv.

Kapitán a posádka reprezentují rozum a srdce. Hašem vyvolal vlny utrpení bičující loďku, aby rozložil tělo skrze nemoc a úpadek a brzy se duše ocitla v blízkosti smrti. Kapitán s posádkou - to jest rozum a srdce se těžce prodírali bouří ve snaze odvrátit katastrofu. Vzali své peníze a majetky a vrhli je přes palubu. Jinými slovy vzdali se veškerého jmění, aby nalezli lékaře, který by uzdravil tělo. Ale Jona (nešama/duše) spí a nepřipouští změnu destinace, ačkoliv je velmi blízko smrti. Kapitán s posádkou se úpěnlivě modlili ke svým idolům, ale nepomohlo to. Nic nemohlo utišit strašlivou bouři. Konečně kapitán s posádkou probudili Jonu (duši) a otázali se: "Proč spíš? Modli se k B-hu, než bude nemocné tělo vrženo přes palubu a ty zanikneš spolu s ním" (Jona 1:6)

Nešama prohlásí, že to není její chyba, protože je to tělo, které hřeší. Tělo odsekne, že jen uvádí ve skutečnost rozhodnutí na úrovni duše. Hádka pokračuje, než konečně los určí další osud. Los ukazuje na duši. Jelikož je odleskem Hašema, náleží jí odpovědnost. Mozek a srdce (kapitán a posádka) se dotazují dále. Odkud jsi přišla? Kam jdeš? Jaký je tvůj duchovní původ a účel v životě? (Jona 1:8) Nešama odvětí, že pochází z Gar Eden a jejím posláním je bát se B-ha a připravit se na věčný život. Ale zhřešila jsem, přiznává duše. (Jona 1:9) Rozum říká duši: Tvým posláním není oddávat se požitkům. Nejsi určena k plavbě do Taršíše. (Jona 1:10) Nešama uznává svoji vinu a přijímá odpovědnost. Rozum a srdce zjišťují jak utišit bouři a ukončit utrpení. (Jona 1:11) Nešama přikazuje, aby byla vypuzena z těla, ale rozum a srdce nejsou přesvědčeni a pokouší se o návrat na břeh, aby se duše mohla navrátit k prvotnímu stavu nevinnosti a čistoty. Jakkoliv se snaží, nemají naději na úspěch. (Jona 1:12-14) V tom okamžiku již tělo nemá na výběr a vypudí duši. (Jona 1:15)